Новости

Dec 09, 2023

Обнаружение цитомегаловируса (ЦМВ) методом цифровой ПЦР в образцах стула не

Вирусологический журнал

Вирусологический журнал, том 19, номер статьи: 183 (2022) Цитировать эту статью

1661 Доступов

2 Альтметрика

Подробности о метриках

ЦМВ-гастроэнтерит часто встречается у пациентов, получающих аллогенную трансплантацию гемопоэтических стволовых клеток, и его трудно отличить от острой реакции «трансплантат против хозяина» (оРТПХ), которая имеет очень похожие симптомы, но требует совершенно другого лечения. ЦМВ-гастроэнтерит вызывается местной инфекцией или реактивацией ЦМВ в желудочно-кишечном тракте, тогда как аРТПХ обусловлен иммунным отторжением. Золотым стандартом диагностики ЦМВ-гастроэнтерита и АГВПХ является биопсия желудочно-кишечного тракта под эндоскопическим контролем, которая является инвазивной и потенциально может привести к тяжелым побочным эффектам. Альтернативой может быть тестирование образцов стула с помощью количественной полимеразной цепной реакции (кПЦР), хотя в опубликованных исследованиях его применение для измерения следовых уровней и точность не являются достаточно удовлетворительными.

В этом исследовании мы разработали новый метод, который извлекает бесклеточную ДНК (вкДНК) из фекального супернатанта для выполнения цифровой ПЦР (дПЦР) для обнаружения ЦМВ, анализирует эффективность и сравнивает ее с общей ДНК, экстрагированной с помощью текущей процедуры. .

Двадцать два парных образца стула с использованием двух методов экстракции ДНК доказали, что метод экстракции вкДНК имеет заметно более высокие концентрации ДНК и контрольное количество копий гена, что позволяет предположить, что вкДНК может быть более информативной и более полезной для обнаружения сегмента ДНК ЦМВ. Метод дПЦР при обнаружении сегмента ДНК ЦМВ также демонстрирует хорошую линейность (R2 = 0,997) и более высокую чувствительность (предел обнаружения при 50% составил 3,534 копий/мкл). Были проанализированы восемьдесят два образца стула от 44 пациентов с ослабленным иммунитетом, уровень ЦМВ-положительных результатов составил 28%, что указывает на то, что более четверти желудочно-кишечных симптомов у этих пациентов могут быть вызваны инфекцией или реактивацией ЦМВ.

Совокупные результаты позволяют предположить, что обнаружение ЦМВ с помощью дПЦР в вкДНК супернатанта стула является мощным методом выявления ЦМВ-гастроэнтерита и помогает в принятии решения о клиническом лечении.

Желудочно-кишечные симптомы часто встречаются у пациентов с ослабленным иммунитетом, например, у пациентов, получающих алло-ТГСК, и вызваны, скорее всего, ЦМВ-гастроэнтеритом [1] и/или желудочно-кишечным РТПХ [2]. Золотым стандартом диагностики ЦМВ-гастроэнтерита или желудочно-кишечного АГВПХ является желудочно-кишечная биопсия, которая является инвазивной процедурой и потенциально может привести к серьезным побочным эффектам, таким как желудочно-кишечное кровотечение или перфорация [3, 4]. Неинвазивные методы, такие как выявление сегментов ДНК ЦМВ с помощью кПЦР из образцов стула пациентов с ослабленным иммунитетом, считаются потенциальной заменой биопсии желудочно-кишечного тракта [5]. Однако не было достигнуто общепризнанного консенсуса относительно диагностической эффективности обнаружения сегментов ДНК ЦМВ в образцах стула при ЦМВ-гастроэнтерите. Несколько исследований показали, что тесты кала на основе ПЦР для обнаружения сегмента ДНК ЦМВ полезны для диагностики ЦМВ-гастроэнтерита [6,7,8] или, по крайней мере, для его исключения [5, 9]. Другие исследования показали, что обнаружение ЦМВ в фекалиях является неусловным предиктором ЦМВ-энтерита [10, 11]. Следует отметить, что процедура выделения ДНК может иметь решающее влияние на обнаружение ЦМВ в образцах стула. Во-первых, образцы стула представляют собой сложную матрицу с различными компонентами, что может мешать экстракции ДНК и реакции ПЦР [12]. Во-вторых, процедура экстракции ДНК определяет, является ли основным типом ДНК продукта тотальная ДНК или вкДНК, что не было полностью учтено в отношении различий в обнаружении сегментов ДНК ЦМВ.

В отличие от геномной ДНК (гДНК), вкДНК широко присутствует во всех жидкостях организма, таких как сыворотка, моча и супернатант стула. В последние годы было достигнуто множество впечатляющих успехов в исследованиях вкДНК, особенно в области неинвазивной ранней диагностики рака и пренатального скрининга [13]. Секвенирование вкДНК также использовалось для мониторинга инфекции и/или отторжения после трансплантации легких и имело хорошее соответствие клиническим результатам [14]. Однако обнаружение сегмента ДНК ЦМВ в вкДНК, выделенной из образцов стула, для диагностики кишечной инфекции/реактивации ЦМВ на сегодняшний день недостаточно изучено.